Algorithm for Optimized mRNA Design Improves Stability and Immunogenicity (LinearDesign)

2024年3月1日 · In this article you’ll learn what linear design is, what the benefits and problems are with linear design, and how to use linear design effectively — hopefully without appearing copy-paste and with a twist on your take. What is Linear design? Linear design is a design trend popularized by the SaaS product, Linear. Linear streamlines ...

用一台超级计算机来处理，即便一秒钟能计算一个新冠RNA序列的二级结构，哪怕是从宇宙诞生到现在 (130-140亿年)，连“潜在”mRNA序列的亿万分之一都没算到。 仅靠科研人员的力量是远远不够的，那就“全民参赛”吧！ 于是乎，Rhiju Das教授便找到了百度，使用百度此前开源的 LinearFold算法，搭建一个 疫苗设计公开赛，让全民参与进来，以游戏的形式，边玩边找这个mRNA. 十三 发自 凹非寺 量子位 报道 | 公众号 QbitAI新冠疫情全球流行， 疫苗研制成为当务之 …

Linear is shaped by the practices and principles that distinguish world-class product teams from the rest: relentless focus, fast execution, and a commitment to the quality of craft. Make the switch. Align your team around a unified product timeline. Plan, manage, and track all product initiatives with Linear’s visual planning tools.

2024年10月11日 · lineardesign: 可执行文件，用于运行LinearDesign程序。 testseq: 测试序列文件。 2. 项目启动文件介绍. lineardesign: 这是项目的可执行文件，用于启动LinearDesign程序。 --lambda LAMBDA 或 -l LAMBDA: 设置LAMBDA，一个平衡MFE和CAI的超参数（默认值为0.0）。 --codonusage FILE_NAME 或 -c FILE_NAME: 导入密码子使用频率表（默认使用人类密码子使用频率表）。 --verbose 或 -v: 打印更多详细信息（默认关闭）。 3. 项目配置文件介绍. …

我们研发的 LinerDesign 算法，就是通过 AI 算法，设计优化 mRNA 药物分子序列，提升其稳定性和有效性。 那么什么是 mRNA 序列设计？ 具体来说，mRNA 编码区域上的每3个碱基形成一个密码子（codon），一个密码子翻译生成一个蛋白质序列上的氨基酸。 但因为密码子种类（64种）多于氨基酸种类（20种），一个氨基酸可以由多个不同的密码子翻译产生。 比如亮氨酸（leucine）就可以由6种不同的密码子翻译产生。 因此，不同的 mRNA 序列，可以生成同一 …

2022年8月30日 · 百度 团队研发出来的LinearDesign采用MFE+CAI的优化方式是对于一个特定的CAI，该算法可以挖掘到MFE最小的候选mRNA序列，拓宽可供挖掘的mRNA序列范围。 此外，在mRNA序列优化时，还需要 考虑编码区5'端避免出现二级结构和茎环结构。 采用LinearDesign设计的Spike mRNA序列（A-D）在小鼠体内出发的抗体滴度比只采用CAI（H）高出9-20倍。 百度 LinearDesign序列优化原理. 研发人员通过一系列的体外体内试验来验证通过LinearDesign优 …

2024年10月11日 · LinearDesign是一款用于优化mRNA设计的软件，旨在提高mRNA的稳定性和免疫原性。 该项目由He Zhang、Liang Zhang、Ang Lin 等研究人员开发，并已在Nature杂志上发表相关研究成果。 LinearDesign通过 算法优化 mRNA序列，使其在保持高 翻译 效率的同时，具有更好的结构稳定性。 2. 项目快速启动. 确保你的系统满足以下依赖要求： 使用 Git 克隆项目到本地： 在项目根目录下执行以下命令进行编译： 使用以下命令对单个序列进行设计： 输出示例： 使 …

The LinearDesign mRNA design software. Contribute to LinearDesignSoftware/LinearDesign development by creating an account on GitHub.

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